A conclusione del ciclo del Ragnarok Thor e gli altri personaggi di Asgard spariscono dall'universo Marvel per tre anni. Nel luglio 2007, il personaggio e i suoi comprimari fanno ritorno dalla lunga assenza nel terzo volume della serie regolare di Thor sceneggiato da J. Michael Straczynski (Amazing Spider-Man, Fantastic Four) e disegnato da Olivier Coipel (Avengers, House of M) e Marko Đurđević. Questa nuova saga che è stata accolta entusiasticamente in patria e all’estero, e rappresenta un vero punto d’inizio per l’eroe. In seguito al Ragnarok, l’apocalittica fine di Asgard, Thor è scomparso insieme a tutti gli dei. Ma c’è bisogno di lui, e la memoria degli uomini è l’unica cosa che può riportare in vita il figlio di Odino. La testata, dopo i primi 12 numeri, riassume la numerazione originale in occasione del seicentesimo. A partire dal 604, Kieron Gillen sostituisce Straczynski ai testi fino al n. 614 venendo assistito ai disegni da Billy Tan e Doug Braithwaite, prima che Matt Fraction (Punisher War Journal, Invicible Iron Man) gli subentri in qualità di sceneggiatore. Dal n. 621 la serie assume il titolo di Journey into Mystery, concentrandosi sulle avventure di Loki sceneggiate da Gillen, mentre a Fraction viene assegnata la gestione di una nuova testata, The Mighty Thor (vol. 1) per i disegni di Olivier Coipel e Pasqual Ferry.
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