Al termine degli anni '80 Uncanny X-Men era il fumetto più diffuso costantemente in cima alle classifiche di vendita. Chris Claremont, che gestiva le serie mutanti da sedici anni senza interruzioni, proseguì le proprie trame orchestrando il crossover Programma Extinzione, con cui portò a termine l'arco narrativo legato all'isola di Genosha. Nel 1991 però, a causa di divergenze artistico/creative con l'editor Bob Harras, Claremont abbandonò i mutanti dopo i primi tre numeri della nuova testata X-Men, di cui il primo detiene il record per il maggior numero di copie vendute di un singolo albo. A guidare le due serie arrivarono il disegnatore Jim Lee e il collega Whilce Portacio (che già collaboravano da tempo con Claremont su Uncanny e X-Factor), coadiuvati ai testi da Fabian Nicieza e John Byrne. Nel 1992 Lee e Portacio lasciarono la Marvel per fondare la Image Comics e Uncanny X-Men fu affidata a Scott Lobdell (testi), John Romita Jr. e Joe Madureira (disegni) mentre X-Men rimase nelle mani di Nicieza coadiuvato dal disegnatore Andy Kubert. Nel 1995 Nicieza lasciò la testata, mentre Lobdell assunse il ruolo di scrittore regolare delle due serie fino al 1997, quando venne sostituito da Steven Seagle e Joe Kelly, a cui succedette nel 1999 Alan Davis. Durante la gestione Lobdell gli X-Men continuarono ad incrementare le vendite e molti altri crossover furono prodotti nel corso del decennio: Execuzione, Attrazioni Fatali, Phalanx, L'Era di Apocalisse, Onslaught e Operazione: Zero Tolerance. All'inizio del nuovo millennio avvenne poi un nuovo rilancio, l'evento denominato Revolution, in occasione del ritorno di Claremont.
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