Con l'arrivo sulla serie regolare dedicata a Wolverine del nuovo editor Axel Alonso (X-Statix) le atmosfere delle storie stavano cambiando, rendendo la testata dell'artiglio canadese più metropolitana, cruda e realistica. La Marvel decise così dal luglio 2003 di far ripartire il titolo con un nuovo numero 1, passato sotto la label del marchio Marvel Knights a partire dal n. 13. Marvel Knights è un marchio editoriale della casa editrice fondato nel 1998 per dare spazio a titoli e supereroi che affrontassero tematiche più mature e realistiche rispetto alle serie mainstream della Marvel. Per quanto concerne il rilancio di Wolverine, Alonso reclutò lo sceneggiatore di successo della DC Comics Greg Rucka (Batman) e il disegnatore Darick Robertson che fece tornare Logan ad avere un aspetto più irsuto ed animalesco. Dal n. 20, con l'abbandono di Rucka, Mark Millar scrisse l'arco narrativo "Nemico Pubbico" in cui Wolverine, tornato ad indossare i panni del supereroe, divenne però subito una pedina della Mano, l'organizzazione criminale ninja, e, sotto controllo mentale, iniziò ad uccidere quelli che un tempo erano suoi amici. Millar tornerà poi a scrivere le storie di Wolverine nell'agosto del 2008 a partire dal n. 66, nel famoso arco narrativo Old Man Logan. Nel frattempo diversi autori si alternarono sulla testata: Marc Guggenheim (Arrow), Jeph Loeb (Superman) e Jason Aaron, che inizia qui la sua lunga sequenza di storie dedicate al mutante canadese. A partire dal numero 73 la serie cambia titolo e viene ribattezzata Dark Wolverine. Nel frattempo la Marvel vara una seconda serie regolare dedicata a Logan intitolata Wolverine Origins, scritta interamente da Daniel Way e inizialmente disegnata dal fu Steve Dillon (Punisher) che, prendendo spunto dagli eventi di House of M (crossover durante il quale Wolverine recupera tutti i suoi ricordi) racconta tutti i retroscena del passato dell'artigliato mutante.
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